Los primeros misioneros bautistas que llegaron a la República Dominicana fueron enviados por la misión World Wide Christian Crusade en 1940. Estos misioneros fueron Zeral Brown y su esposa Doretta, Lyle Jessup y su esposa María, Donald Wunker y su esposa, e Ivan Augsburger y su esposa Grace. Estos misioneros fueron a trabajar a la provincia del Seibo, en la región este del país.

La misión tuvo problemas financieros y los misioneros quedaron sin sustento en el país. Con la ayuda de todos enviaron a Zeral Brown a buscar apoyo. La misión Unevangelized Field Missions les ofreció apoyo pero estos no lo aceptaron. El Rev. Donald Wunker aceptó ser misionero y se fue a San Pedro de Macoris fundando la primera Iglesia Bíblica Cristiana.

En 1944, Baptist Mid Missions apoyó a los misioneros y estos se mudaron a la ciudad de Hato Mayor del Rey aceptando la sugerencia del hermano Cilito Cáceres quien era creyente de la Primera Iglesia Evangélica Dominicana en San Pedro de Macoris, pero vivía en Hato Mayor. Así comenzó la obra misionera en los bateyes Jalonga, Alejandro Bass y la ciudad de Hato Mayor.

Los primeros misioneros enviados por Baptist Mid-Missions fueron: Jay Nauta y su esposa Jean, Vernon Weber y su esposa Edith en 1954, Robert Mayer y su esposa Lena en 1955, y Pablo Joles y su esposa Barb. También vinieron las señoritas Beulah Hager en 1954, Evelyn Ness en 1955, Bárbara Lewis en 1972, Johana Jones en 1977, y Leticia Villalpando y los esposos Carpenter en 1979.

El primer instituto bíblico fue iniciado en Hato Mayor del Rey por el Rev. Lyle Jessup en 1951 donde se graduaron del Seminario Bautista Dominicano el primer pastor dominicano, Alejandro Mota, Cesar Cáceres Castillo, William de León, y varias mujeres en 1954. Y se organizó una iglesia en Batey Jalonga.

La primera iglesia bautista dominicana evangélica fue fundada el 27 de abril de 1953, con un núcleo de 15 creyentes en Hato Mayor del Rey. Ese mismo año también fue establecido el Colegio Bautista Dominicano. La primera conferencia bautista se celebró en esa ciudad en noviembre 20-23 de 1956.

La segunda iglesia bautista dominicana y primera en Santo Domingo celebró su primer culto el 11 de abril de 1953 y fundada en 1954 con 7 miembros por el Rev. Zeral Brown.

La Tercera Iglesia Bautista fue establecida en La Romana en 1955, por el Rev. Ivan Augsburger, seguida por el Rev. Roberto Mayer en 1956 y luego pastoreada por el pastor dominicano Celio Rivera.

En 1958 se organizaron iglesias en los bateyes Alejandro Bass y en La Higuera.

La Cuarta fue establecida el 9 de abril de 1965, en Ingenio Consuelo, San Pedro de Macoris por el pastor dominicano Santiago Payano.

La quinta iglesia bautista fue iniciada por el pastor dominicano Alejandro Mota en Baní en 1957, continuada en noviembre de 1964 por el Rev. Ivan Augsburger y organizada el 20 de abril de 1967.

En 1969 se organizó la 6ta Iglesia Bautista Dominicana de Catalina por el Rev. Vernon Weber.

Nathan Nauta estableció la iglesia en Villa Francisca en 1972, hoy Bameso. El Rev. Robert Mayer estableció la iglesia en Gazcue el 30 de diciembre de 1972. Se organizó oficialmente la Iglesia Bautista Dominicana de Gazcue y dio inicio al Seminario Bautista en Santo Domingo para capacitar obreros en doctrina, homilética, hermenéutica, traduciendo del libro, Tratado Sobre la Predicación, del escritor Broadas, hallándose entre los alumnos, Marcos Mauricio; Juana María Mata; Eunice Silverio; Flor Guzmán (la que se casó con Alejandro Mota), Julio Calderón, y otros.

Mucho de los esfuerzos de enseñanza de la Sana Doctrina en la ciudad de Santo Domingo se deben a tres misioneros: Mayer, Nauta, y Weber, que establecieron en los locales de las iglesias, seminarios y talleres. Seminarios de Pedagogía sobre las siete leyes de la enseñanza, Doctrinas del Catolicismo, Misiones, Evangelismos personal, El Arte de la predicación, Música, Pedagogía de Escuela Dominical, y otros. En verano de 1973 la Srta. Bárbara Lewis organizó el primer campamento para niños de las Iglesias Bautista Dominicana. En 1973, los Nauta compraron una casa en San Gerónimo y comenzaron cultos evangelísticos los jueves por la noche. En 1977, después de estos salir de la obra en Villa Francisca, comenzaron cultos los domingos por la noche en San Gerónimo dando inicio a la Iglesia Bautista en Los Prados. El Misionero Pablo Joles inició en Santo Domingo la Iglesia Bautista Cristiana en 1980 y la Iglesia Bautista en Piantini. En 1983 fue fundada la Iglesia Bautista en San Pedro de Macoris por el pastor Santiago Payano.

De estas iglesias salen muchas de las iglesias bautistas de la República Dominicana.